清康熙二十二年（西元一六八三年）六月，施琅提督福建水師攻澎，擊敗明鄭守澎之武平候劉國軒而佔領媽宮，師苦無水，琅禱於神，井湧甘泉，萬軍汲之不竭，故名「萬軍井」，康熙三十五年（西元一六九六年）琅卒，翌年命建施將軍廟於媽宮澳東街，道光二十三年（西元一八四三年），更名「施公祠」。是台灣兩座奉祀施琅的寺廟之一。萬軍井，清康熙二十二年靖海侯施琅攻克澎湖後所鑿，因井泉甚旺故稱萬軍井，曾一度淪為附近居民培養豆芽用的水井，仍有少數居民利用抽水機油取井水。

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