相傳清乾隆十五（1751）年間，大陸漳泉之先民渡海來台拓墾，恭請湄洲媽祖分靈，集結於舊社庄奠基，暫奉在土埆厝內。道光五（1825）年重建。同治十一（1872）年重修。日據昭和十（1935）年重修。民國七十三年重建本殿及鐘樓一部份，民國八十一年底主要建物興建完成。南興宮坐西朝東，七間起格局，過水以員光拱門串聯兩側護龍，龍虎爿分置鐘鼓樓。宮內文物，道光五（1825）年「清漳福地」木匾。 南興宮「舊社媽祖」，是舊社、軍功寮、二分埔、三分埔、三十張犁、頭家厝等六庄頭的信仰中心。舊社早期乃巴宰（Pazih）平埔族阿里史社的社域，道光年間原住民因故遷徙至埔里，故留「舊社」地名。據耆老口述，過去高山原住民有出草獵人頭的習俗，當年舊社南興宮信眾前來參加各項祭典時，曾面臨被原住民砍頭的危險。 「溝背戰役」，溝背的「溝」指的舊社溝。光緒二十一（1895）年日軍據臺，我方義勇軍在潭子頭家厝與舊社溝背一帶與日軍部隊軍展開激烈戰鬥，死傷無數之抗日史。