石碇溪又稱尖山腳溪，是東北角地區僅次於雙溪河的第二大河流，也是新北市水利單位列管18條河流之一，它是凱達格蘭族發源地三貂區的重要河流，溪流兩旁有多處平埔族的遺址被發現。

清代乾隆末期，閩南族群入墾三貂前，平埔族三貂社人多聚居於石碇溪下游，以及雙溪河口一帶。石碇溪沿岸的遺址有仁里遺址、仁和宮遺址、外文秀坑遺址、核四廠第1、2、3號遺址、過溪仔遺址、內寮遺址等，多屬於史前時代鐵器文化，日治時期人類學者尾崎秀真曾在遺址中發現明朝洪武通寶等中國貨幣，可證明早期此地平埔族與漢人可能直接或是間接跟內陸有貿易往來。

石碇溪河口有國寶級臺灣原生植物「穗花棋盤腳」分布。