臺南「大觀音亭」原名「觀音宮」、「觀音亭」或「觀音廟」。根據相關文獻記載，「大觀音亭」創建年代在明永曆年間（1647-1683年），略早於臺南興濟宮，是由當時駐守臺灣的軍民合力搭建而成的。相對於臺南有一在小東門內的觀音亭，稱為「大觀音亭」。

在1693年（清康熙32年）重修擴建的時候，廟裡的拜亭採用「抱廈」（即圍繞於廳堂、正屋的房屋，或指於原建築之前或之後加建的小屋）形式改建，中央主祀觀音佛祖，配祀十八尊羅漢，呈現出莊嚴肅穆又灑脫自在的景象。

大觀音亭現存藥籤共有59首，沒有分科別。特別的是，每首藥籤下方都標註著「大人全服、小兒半服」的字樣，呈現出用藥劑量在大人與小兒的身上，應有所區隔的概念。