「真耶穌教會」自認為是純粹由「中華民國國人」自創的教會,山東濰縣人張靈生於民國二(1903)、三年(1904)間在家裡開始辦理「耶穌真教會」,到了民國七年(1918)與魏保羅合作,正式傳「萬國更正教真耶穌教會」。
民國十四年(1925) ,真耶穌教會傳至華南的福建省。時有移民臺灣的黃呈聰與黃呈超兄弟、張錦章、王慶隆與黃醒民等入信。原長老會信徒吳道源,也在廈門加入該會。同年秋,黃氏兄弟之父黃秀兩返臺,向所住彰化線西塭仔村的親友傳教,有40多人領受他的施洗,這是該教會在臺灣傳佈之始。到了大正十五年(1926)三月真耶穌教會創始人之一的山東濰縣城外西莊頭人張巴拿巴到臺灣傳道,短短40天內建立包括彰化線西教會(今稱伸港)、嘉義牛挑灣教會(屬嘉義縣義竹鄉梅華村,後稱梅華教會,今併入朴子教會)以及臺中清水教會等三間教會,奠立了真耶穌教會立足本土的根基。同年(1926)十一月教會的「臺灣支部」成立,隸屬於中國大陸南京總部。
在日據時期,為配合殖民地政府的要求,昭和十六年(1941)二月臺灣支部臨時大會將「臺灣支部」改稱為「日本真耶穌教會本部」,實際上與南京總部的連繫不變。
民國三十八年(1949),國民政府撤退來臺,該會臺灣負責人致力在臺灣建立承傳的系統。民國三十九年(1950)九月改臺灣支會為地方性的組織,稱為「臺灣省真耶穌教會」,脫離總會而獨立。民國四十五年(1956)五月,再進一步以「臺灣省真耶穌教會」的組織成立「真耶穌教會臺灣總會」,取代原來建立在南京的總會,並於民國四十七年(1958)獲政府許可設立。
真耶穌教會和其他基督教教派自大的差異是宣稱目標是更正各教派對《聖經》的「錯誤解釋」,並把拯救萬民的真福音傳遍世界,以便迎耶穌再來,並以「一神觀」否定其他教會所認同的「三位一體」神學觀。另外真耶穌教會認為安息日乃真神於萬物造成之時設立的,應為星期六,所以將崇拜定在星期六,不同於一般教會在週日的主日崇拜。
真耶穌教會對自己的信仰有比較大的堅持,有時不被其他教派認為是基督教「正統同宗」,只被接受為「泛基督教」系統的一支。
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