明朝沿海的海盜閩粵二省沿海居民，原有出海貿易的習慣，但在明朝時，由於政府大體而言實施海禁，又不准與日本直接通航後，有些人不得已只好轉為所謂的倭寇、海盜。十六世紀以來，澎湖、臺灣都逐漸成為海盜的巢穴。例如著名的潮州籍海盜林道乾便曾躲避明軍追趕，先躲到澎湖，再遁入臺灣北港。傳說他後來跑到了北大年一帶(今泰國南部)。在世界各國的海盜傳奇中，常有著類似金銀島的海盜埋金故事，例如台灣民間傳說林道乾劫掠的金銀財寶堆滿了高雄打鼓山。另外，馬祖列島也有清代大海盜蔡牽藏寶的傳說。繼林道乾之後，臺灣海峽上的海盜集團首領是林鳳。他也曾為了躲避明朝總兵胡守仁追擊，逃竄至澎湖，然後又到臺灣的魍港（今嘉義縣八掌溪口好美里一帶）。林鳳在官兵的追擊下，曾經轉而襲擊菲律賓馬尼拉，失敗後再回閩粵沿海騷擾。 其實「海盜」與「海商」是一體兩面，這些中國海盜出洋的重要目的當然也是為了要做生意。這些福佬「海盜」與「海商」出洋做生意，久之往往留居該地，形成華人社區。除了臺灣、澎湖，例如東南亞的馬尼拉、巴達維亞與泰國大城(Ayutthaya)等地都是重要的福佬「海盜」與「海商」的聚居地。當時的海盜集團會在中國東南沿海擄掠女人，做人口販子的生意，就有將之販賣到台灣的記錄，因為早期來台漢人多為單身漢，在長期居留娶不到老婆的情況下，有的就會向人口販子買妻成親。例如下列這張描繪漢人家居生活之版畫，常被人誤解為描寫漢人男耕女織，相處融洽之景象，但若對照書中文字，其實圖中反映的是當時臺灣男人刀不離身，而婦女一般不與男人同席共餐，且由於當時男姓漢人在臺灣找不到妻子，多由中國買來女子。圖上所出現的中國女性，很可能就是來自對岸的「大陸新娘」。17世紀中葉以前中國東南海上勢力最為強大的海盜/海商集團首領是鄭芝龍(？-1661)。他是福建泉州南安縣人，早年隨其舅父到廣州澳門學習經商，往來於澳門、日本。他於澳門接受天主教洗禮，教名「尼可拉斯」(Nicolas)，在平戶娶妻，育有兩子，長男即著名的鄭成功。荷蘭人於1622年重來東亞海域時，他也擔任荷蘭東印度公司的翻譯。鄭芝龍崛起後，逐漸接收、擊敗中國東南海域上各海盜勢力，後接受福建巡撫招安，亦官亦盜的身分使他稱霸中國東南海上；1640年代以後，鄭芝龍可說完全掌控中國東南海域，成為勢力最大的海盜。荷蘭人據台後，要在此海域與中國貿易，必須與鄭芝龍合作，但也飽受其威脅；尤其在他死後，其子鄭成功繼承其勢力，於1661年出兵征台，擊退在台灣經營的荷蘭人，使得荷蘭勢力逐漸退出東亞海域。而鄭氏家族也繼續以台灣為根據地，做為與清朝對抗以及海外貿易的基地。

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