鹿港日茂行主人林振嵩於乾隆30年（西元1765年）由中國福建泉州永寧渡海來臺，並定居鹿港，初以販鹽為業，後因經商得法而致富。鑑於鹿港日漸繁盛的商業契機，林振嵩放棄舊業，轉而經營貿易，創立商號「日茂行」，並自擁船舶，載貨轉運各地。乾隆49年（西元1784年）鹿港正式開港，與泉州蚶江對渡通商，推測日茂行建築即於此時期興建。林振嵩三子林文濬亦於此時渡海來臺，與其聯手經營日茂行業務，使日茂行商務更蓬勃發展。 　 林振嵩於乾隆42年（西元1777年）捐資成立鹿港慈善組織「敬義園」，以拾字紙、置義塚、收遺骸、修橋樑等工作，造福鄉里，是當時最具規模的慈善組織。另外，亦曾參與乾隆51年（西元1786年）鹿港龍山寺遷建、乾隆52年（西元1787年）天后宮（今新祖宮）新建等地方事務。此時的日茂行已執鹿港商業界牛耳，擁有穩固的事業基礎，因此最晚至此時，日茂行應已發展為完整的船頭行，擁有自己的船隊及商行了。 　　 乾隆53年（西元1788年）林振嵩因母喪返回泉州奔喪後，定居泉州，頤養天年，日茂行的經營由林振嵩三子林文濬接手。林文濬又名品、元品，字金伯，號淵巖，為人熱心公益，曾捐資修建鹿港天后宮、鹽水武廟、彰化縣城等。嘉慶21年（西元1816年）林文濬五子林廷璋與孫侄林世賢中舉，同年，日茂行進行重修，將建築座向由面街背海改為背街面海之形式，並且將原本二進三開間的連幢街屋變更為合院型態，由林文濬敬書「日茂行」門額與「鰲波東注」刻石，為當時全鹿港之盛事。 至道光6年（西元1826年）林文濬逝世，由其五子林廷璋接掌日茂行商務，但自嘉慶中葉後，鹿港嚴重淤塞導致港口一再遷移，商運已大不如前。面對環境變遷，林廷璋亦無力突破，日茂行已日漸式微。咸豐至光緒年間，濁水溪多次氾濫，支流流向鹿港港口，造成河道淤塞，使得依靠航運貿易維生的日茂行在鹿港港口功能日漸退化後，亦逐漸衰弱，家族參與地方事務亦逐漸趨於平淡。民國87年（西元1998年）因都市計畫道路拓寬，日茂行建物所在地辦理徵收，部分建築遭拆除，僅存日茂埕、前落、內埕、後落、小合院，於民國89年（西元2000年）經彰化縣政府指定為縣定古蹟，民國92年（西元2003年）遂辦理修復工程。