1868年(明治元年)日本發生戊辰戰爭,明治政府於橫濱設立臨時的軍事病院以收容傷患,後期由橫濱移往東京,成為「西洋醫學所」附屬病院,稱為「大病院」,因此「大病院」為日本第一座以「病院」為名稱之醫療設施。1871年(明治四年)兩位德國醫師成為「大病院」、「醫學所」合併後之大學東校教頭後,德國醫學制度遂盛行。同年,日本以中央、地方等不同等級開始設立正式軍事病院。 1888年(明治二十一年)5月發布《衛戍條例》,為日軍最初設置「衛戍病院」之法源依據,因第二條規定各衛戍地應設置病院、武器庫及監獄,由衛戍司令官管轄,因此日本陸軍之地方醫療機構,包括東京陸軍醫院及各鎮臺醫院全部改稱衛戍病院,直至1936年(昭和十一年)11月2日,又更名為陸軍病院。 台南衛戍病院原位於臺南赤嵌樓,1917年(大正六年)後依日軍第三期永久兵營計畫興建臺南衛病院於現址,約1918年(大正七年)底完工「原管理室」、「原管理室附屬家」、「病室」、「染病室」、「看護卒兵舍」、「廚浴室」及其他雜工程。當時台南衛戍病院的服務等級等同日本內地之二級衛戍病院。二戰結束後,1948年(民國三十七年)5月,在原台南衛病院成立「陸軍訓練司令部軍醫院」,同年9月中旬開始收療病患。 經歷各名稱編制上之變革後,1960年(民國四十九年)5月醫院改稱為陸軍「第804總醫院」,直到1987年(民國七十六年)陸軍第804總醫院」從臺南遷往桃園,由「851野戰醫院」作臨時性之營產接管。 至2000年(民國八十九年)國防部將基地撥交給國立成功大學,成為其力行校區西側校地。
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