興賢書院原為文昌祠，供奉文昌帝君，其創建年代有嘉慶12年（西元1807年）由當時武東堡、武西堡與燕霧下堡的士人合建，及道光3年（西元1823年）恩貢生曾拔萃捐建等二說。綜而視之，可合理推測文祠之肇建可追溯至嘉慶12年（西元1807年），至道光3年（西元1823年）曾拔萃捐建而始具規模。時即有社學興賢社設於內，以為士子結社吟詠，敬業樂群之所。後於道光末年，中國廣東省饒平縣名儒邱海來臺，於員林文昌祠內自設私塾，名曰「興賢書院」，教授燕武三堡從學弟子。其以束脩整修書院，並置學田七甲，以其租獎勵後進，堪稱首開員林文風之先驅。然其身歿後，私塾亦隨之停辦，使員林地區文教活動一度趨於沉寂，目前興賢書院內仍供奉有邱海的長生祿位。迄至光緒7年（西元1881年），秀才邱翠英等人見書院傾頹，遂倡議鳩金改築，奠定今日規模之雛形。 日治時期，明治37年（西元1904年）書院初設管理人，時信眾公推大村賴維種出任。大正9年（西元1920年）書院管理委員會委聘彰化縣漢學大家黃溥造前往教學，並興築後廳堂作為山長住所，書院始具完整的雙進式建築格局，之後又陸續進行三次增改築。大正15年（西元1926年）黃溥造與文友林天爵等創立興賢吟社，每年春秋二季廣邀中部詩文社共賞聯吟大會，成為當時中部漢學交流的重要據點。昭和12年（西元1937年）後，因日方嚴禁臺人教授漢文，故書院教育就此中斷。而在昭和15年（西元1940年）仍有一次修繕紀錄，當時正殿對聯為林天爵的墨跡。 二戰後，民國41年（西元1952年）將左廂房拆除，改為老人會館的活動空間，民國42年（西元1953年）政府實施耕者有其田政策，學田七甲餘地全數遭徵收，民國44年（西元1955年）重修時，將屋頂改為水泥瓦，此次重修委請黃朝琴、謝東閔、于右任敬題對聯，惟此墨跡已於九二一地震損毀。二戰後的興賢書院雖曾一度恢復吟社課學，然民國48年（西元1959年）黃溥造辭世，吟社與課學復又分離。民國74年（西元1985年）經內政部公告為第三級古蹟，民國86年（西元1997年）隨<<文化資產保存法>>修正，依法改列為縣定古蹟。 民國88年（西元1999年）九二一地震，書院建築逾半數倒塌，經內政部災後統計判定為全毀。民國90年（西元2001年）由員林鎮公所及彰化縣政府分別委託中原大學建築系進行書院構件清理與保存工作，民國92年（西元2003年）進行修復工程，民國95年（西元2006年）完成修復工作。