北港溪最嚴重的問題是經常氾濫，其中又以乾隆15年(1750)及嘉慶2年(1797)兩次最為嚴重。乾隆15年(1750)北港溪氾濫，使北港街莊一分為二，形成以溪為界分為「笨北港」與「笨南港」。乾隆29年（1764），余文儀重修台灣府志載笨港：「港分南北，中隔一溪，曰南街，曰北街，舟車輻輳，百貨駢闐，俗稱小台灣」。嘉慶2年（1797）台灣遭受颶台侵襲，北港溪氾濫成災，積水三日始退，河道南移，笨南港首當其衝，民宅，廟宇侵毀無數。

災後居民東遷麻園寮，重建街莊稱「新南港街」，即今新港。北岸的笨北港受災較輕，尚能維持貿易生意。到了光緒年間，笨北港已距海岸線甚遠，但仍是一個熱鬧的城市。根據倪贊元雲林縣採訪冊:「北港，即笨港，因在港之北，故名北港。東西南北共八街，煙戶七千餘家。郊行林立，塵市毗連.......百物駢集，六時成市，貿易之盛，為雲邑冠，俗人呼為小台灣」可見當時北港的繁榮。

北港溪上游的集水區與濁水溪的集水區相鄰，二溪在林內鄉相遇，1911年以前堤防未建，每遇水患，濁水溪之洪水常常溢滿，不得不借笨港溪疏導部分洪水，造成台灣中西部部分水患，所先民的畏懼「出黑水」即指此事，1912 年興建濁水溪林內堤防後，北港溪始與濁水溪水系隔絕，自成水系，北港溪從此不再出黑水。