北港糖廠在二次大戰期間，曾因受盟機先後兩次轟炸，第二次更因其為供應軍事設施燃料的重要戰略意義，成為空襲主要目標。廠場除工場機器設備受損較輕外，壓榨室、結晶室、烘乾室、包裝室等都破壞殆盡，瘡痍滿目，百廢待舉。
民國35年（1946）台灣糖業公司第一分公司北港糖廠在5月成立後，開始逐步修復工作。修復工程由台北協志商號（大同公司前身）承包，負責全部廠房及樓板、鋼樑等復舊工程。當時因物資匱缺，除將炸毀部份拆卸加工矯正裝配應用外，廠房鐵皮均以桂竹片代用。有關機器燒損的部份，則以克難方式由原有技術員工進行修復，並於民國36年（1947）12月修復工作全部完成。值得一提的是，在眾多糖廠成為重要目標受到轟炸受創嚴重之際，唯獨斗六糖廠僥倖於難。這是因為日軍將盟軍戰俘營設在今溝壩國小，正好與糖廠為鄰，因而使斗六糖廠免於成為轟炸的目標。
