開元寺為四合院的格局，共有三殿四進。做為大門的山門懸掛著「登三摩地」匾額，門後的步道兩旁種植鬱鬱蔥蔥的菩提樹，迎面的第一進三川門則掛「小西天」匾額，分別表「正定」、「正覺」與「寺院叢林」之意。第二進為「彌勒殿」，主祀彌勒菩薩。第三進乃「大雄寶殿」，主祀釋迦牟尼佛，屋梁上懸掛在康熙朝鑄造、銘刻著般若波羅密多心經的古鐘。第四殿是「大士殿」， 主祀千手千眼觀世音菩薩，為兩層樓的仿古建築。中軸現左右側各有一室，分別名為「開山堂」與「淨業堂」；前者供奉延平郡王神位與歷代住持牌位，後者則供奉信徒之祖先牌位。開山寺將最外圍的兩側廂房，設為可靜坐冥思的禪房，最後方則有昭和6年（1931）興建的納骨塔，名「圓光塔」。

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