西本願寺派下直系的了覺寺，也就是現在中正區的十普寺，日治時期稱為古亭庒，在明治年間就已經成立。西元1913年募集捐款4千多圓，才著手蓋了覺寺的大殿（本堂）。了覺寺的寺名源自於在京都已經廢寺的了覺寺，經由當時的臺灣西本願寺輪番紫雲玄範的交涉，京都了覺寺代代相傳的法寶物，連同寺名，都由古亭的了覺寺繼承。

 了覺寺特別受臺灣總督佐久間左馬太（西元1844年-西元1915年）的愛戴，常常揮毫落紙贈予了覺寺。釋善因在留學返回臺灣之後，除了西本願寺的臺灣別院之外，也常常被當時了覺寺的住持井上義晴請他從彰化到臺北來幫忙。這時的古亭庒，已經不再是明治期間的鄉下地方，有水源地，有帝國大學，堪稱是臺北有名的勝地了。