1990年時任臺灣省政府主席邱創煥指示臺灣省政府農林廳籌設特有生物研究保育中心,主要以臺灣特有種、珍貴及稀有生物為對象,進行物種分布、族群數量、生態史、棲地環境、復育方法及生態教育等調查研究工作,1999年配合精省改隸行政院農業委員會,更名為「行政院農業委員會特有生物研究保育中心」。
除了既有秘書室、會計室、人事室的編制外,還有動物組、植物組、棲地生態組、經營管理組,最後就是教育推廣的解說教育組。除此之外還有4個外設單位,位於臺中市烏石坑低海拔試驗站、高雄市藤枝中海拔試驗站、合歡山的南投縣榮興村,最後是位於臺南七股濕地研究中心籌備處。五個主題研究室:動物組,植物組,棲地生態組,經營管理組,解說教育組,其他的附設場館野生動物急救站、保育教育館、臺南市七股區黑面琵鷺生態展示館。
特有生物保育中心研究方式相當多元,除發表國內外期刊論文外,更藉由數位化相機完成更多監測野生動植物的行監測,有利於了解長期野生動物的現況與趨勢、找到對策;或以GPS結合臉書路殺社的網友們一起統計路殺的動物種類,多元的推廣教育以全民科學、石虎友善農作、跳舞活動、結合大學研究等更通俗的方式,透過讓全民參與、因為認識來改善人與環境之間的關係。
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