根據臺南「臨水夫人廟」廟中所存之沿革碑中記載，臨水夫人廟始建於清乾隆年間，由當時渡海來臺的福州籍先民，在移居地附近所建立起來。1852年（清咸豐2年），地方賢達及鄉紳出資修建，並且一併供奉「二媽林紗娘」、「三媽李三娘」。歷經光緒、日治至民國的數次整修重建，完成了今日所見的外貌。

據廟中石碑記載，臨水夫人廟中，除了供奉臨水夫人及二媽、三媽外，還供奉「花公」、「花婆」（主掌胎兒性別、保佑孕婦順產與小兒健康成長）、「三十六宮婆姐」（與臨水夫人共同保佑初生嬰兒免於癡、傻、哭、鬧、病、弱、驚所苦）與「大聖爺」（專治小兒營養不良或寄生蟲引起的「著猴」，還可以管教太調皮的小孩）……等神明，可稱得上是臺灣最古老、也最具規模能救產扶嬰、治病、驅邪兼備的「婦女廟」。

臨水夫人廟中的眾神尊，長期以來守護著婦女和幼兒的醫藥神角色，不但深植在當地信眾心中，更遠近馳名於臺灣各地。