日治時期所編纂的《臺南州祠廟名鑑》中，記載了當時嘉義郡就已經有了「民雄保生大帝」這間廟宇的存在；根據當時的紀錄，民雄保生大帝廟的建立，可以上溯到1754年（清乾隆19年），由當地信眾蕭作揖、林玉麟、陳啟輝、洪榮光、周文成及周俊盛等六戶人家集資興建而成，並且購買房屋、田地，透過收租當作廟方的祭祀資產。

1906年（明治39年），嘉義的梅山發生高達7.1級的大地震，許多建築物紛紛倒塌，民雄保生大帝廟也在這次的大地震中受到了嚴重的毀損，於是當年集資建廟的六戶後代，由蕭炳坤等人提議，利用歷年來所累積出來的廟產重建廟宇，於1912年（大正元年）完工落成。

民雄保生大帝廟中所保留的藥籤十分完整，其中最具特色的是關於小兒治療的部分。廟中藥籤雖然並沒有分科，但是每張藥籤的後面都有著「小兒各半」的標註，表示在當時的宗教醫療內涵中，就有注意到大人與小孩藥物的劑量宜有所區隔的事宜。