日本最大佛教宗派淨土真宗本願寺派，俗稱西本願寺由開山始祖親鸞上人於西元1200年代成立，總本山位居日本京都。

 西本願寺的僧侶於西元1894年隨著日本軍隊到達臺灣，西元1895年馬關條約簽訂後，總本山隨即派遣人員常駐臺灣，並於西元1896年在臺北城的北門外至道宮設駐在所支援在臺日人。隨後在大稻埕成立了佈教所，隨著殖民地政策慢慢地落實，據點也越來越為增加。目前落在臺北西門町的西本願寺，無疑是日治時期遠渡來臺的日本人心靈上的一大寄託。同樣的，不同於臺灣傳統佛教的舊慣改革，極大部分則需要本願寺派培訓的臺灣人來積極推行。

 御廟所在西元1923年落成，主要供奉明如上人，也就是大谷光瑞，大谷尊由的父親的分來到臺灣遺骨，還有容納在葉落臺灣的信徒骨灰。在西本願寺本堂（大雄寶殿）的旁邊的就是御廟所。

 二戰後的臺北西本願寺，是曾經拘留228事件政治犯的據點，同時也是西元1949年節節退敗到臺灣的外省下級兵士的借居地。西元1975年大殿（本堂）遭大火燒失，西元2005年才由臺北市重新整頓。