1950年代,貨櫃船尚未出現之前,輪船貨物都需依靠碼頭工人搬運,高雄港碼頭工人先後以澎湖、臺南、嘉義人為主,後再加上旗津當地的大陳人,為臺灣與高雄的經濟發展,貢獻心力。當時只要船入港停靠,碼頭工人們便會撐起舢舨過港運送貨物。1969年,政府在高雄港試建貨櫃碼頭,將蓬萊區第一號碼頭改成臨時貨櫃碼頭;11月,中國航運公司第一艘貨櫃船「東方神駒號」停泊在高雄港蓬萊區第一號碼頭,開啟了新貨櫃作業。隨著貨櫃碼頭陸續興建,設備也日趨完善,作業速度大幅提升,加上貨櫃起重機、或櫃車、專用碼頭的租用,1999年,高雄港成為全球第三大貨櫃港。現為世界第十五大貨櫃港。
隨著業務量增加,原有貨櫃中心不足以負荷,於旗津興建第四貨櫃中心(中興商港區),並在1984年啟用台灣第一座海底隧道,運輸功能大增。在前總統陳水扁任內,提出高雄港洲際貨櫃中心,第一期編號108、109碼頭於2011年1月1日啟用;編號110、111碼頭於2014年9月營運。第二期計畫於高雄港第二港口外填海造陸,興建五座深水貨櫃碼頭,於2012年動工,預定2023年完工,肩負高雄港競爭力與海運樞紐地位重任。
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