民國69年（1980），南迴線卑南新站（今臺東車站）開始施工時，於火車站後方的調度車廠發現一批文物，沉睡千年的卑南文化遺址終於揭世展露。唯因工程的開挖，埋藏在地下的遺址遭到嚴重破壞，各界及輿論撻伐不已。當時臺灣大學人類學系宋文薰、連照美教授等人，帶領人類學系學生前往搶救，歷時9年；總共進行13次發掘工作。發掘面積達一萬平方公尺，出土1600座石板棺，和為數不少的聚落建築遺跡，以及大量陶器、石器和玉器等，其式樣及數量為歷年來最多，也是臺灣考古史上具有最完整聚落型態與資料的遺址。卑南遺址年代大約距今5300至2300年前，屬於新石器時代。卑南遺址早年被評定為第三級古蹟，之後歷經法令變遷，於民國95年（2006）被指定為國定遺址。民國105年（2016）文化資產保護法修訂後，現為國定考古遺址。