鹿野村社為日治時期臺東地區日本私營移民村神社之一。鹿野村社原位於今靠近馬背附近的山腳下，昭和6年（1931）移往今崑慈堂附近並行遷座式。戰後，多年來僅存基壇，崑慈堂也一併作景觀維護。花東縱谷國家風景區管理處在當地居民倡議下，撥款並發包進行復原工作。經外包廠商邀請日本「宮大工」前來技術協助，於民國104年（2015）竣工並行揭幕儀式，是臺灣第一座與日本人合作復原的神社。現今所見的鹿野神社由當年原有基座，以日本檜木由日籍匠師技術指導的合作模式重建而成。新建後的鹿野神社規模小巧簡單、古色古香，僅有本殿、鳥居、手水舍等主建築；鹿野神社主要祭祀自然神，強調人與自然的關係，重建後未供奉神明於神社內，僅是修復原有樣貌，供參觀為用。