海端車站自創站以來,客、貨運輸曾有過十分繁榮的時期。當年因南橫公路通車,甚多財團在南橫內部投資,如森林伐木、礦產探勘與開採等,貨物均利用南橫公路運至該站託運,送至西部各大城市,貨物託運量曾日創百公噸之佳績,客運載運量亦極良好。但自民國66年(1977)初來大橋興建完成後,車輛能跨越新武呂溪直通池上鄉,且人民生活品質提升,普遍備有私人交通工具,以致客、貨運業務幾乎全停頓。民國70年(1981)停辦貨物,民國73年(1984)停辦零擔貨運。鐵路局為考慮成本,居於運轉上之需要,故無廢站。海端車站配合「花東新車站運動」計畫,於民國103年(2014)5月15日重新整修,然而現已降級為招呼站,無人管理,僅停靠區間車。
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