海端車站自創站以來，客、貨運輸曾有過十分繁榮的時期。當年因南橫公路通車，甚多財團在南橫內部投資，如森林伐木、礦產探勘與開採等，貨物均利用南橫公路運至該站託運，送至西部各大城市，貨物託運量曾日創百公噸之佳績，客運載運量亦極良好。但自民國66年（1977）初來大橋興建完成後，車輛能跨越新武呂溪直通池上鄉，且人民生活品質提升，普遍備有私人交通工具，以致客、貨運業務幾乎全停頓。民國70年（1981）停辦貨物，民國73年（1984）停辦零擔貨運。鐵路局為考慮成本，居於運轉上之需要，故無廢站。海端車站配合「花東新車站運動」計畫，於民國103年（2014）5月15日重新整修，然而現已降級為招呼站，無人管理，僅停靠區間車。