最早是在九號坑附近一戶民宅叫王清泉，人稱「九泉仔」的家裡，設有「扶鸞」儀式，香火旺盛，有一天奉神明指示要蓋廟，於是他便開始從基隆山上尋找，最後找到「鷹仔石」腳這塊風水地，作為廟宇基地，當時還沒有九濱公路，所以蓋廟的砂石、水泥等，都是信徒以人工方式從濱海及九號坑挑運上來，要拌混凝土時，也是一號召便有上百位信徒主動參與工事。此廟主要供俸神農大帝，一般神農大帝是農業的守護神，而九份完全是靠礦業興盛，為何會有人拜神農大帝呢？原來青雲殿有專人到處採集藥草，提煉成丹丸供人求神治病，加上「扶鸞」儀式為信徒消災解厄，所以信徒日增，瑞芳、濱海也有很多信徒，廟宇也從鸞壇變成現在可以容納兩部電梯的規模，電梯主要目的是提供老人或殘障人士搭乘至六樓祭拜天公用。