天聖宮由前旗津國小老師鐘永良創立。鐘永良原先擔任教職，在妻子陳姿蓉生育一男一女後，便一病不起，遍尋名醫均無果，偶然機緣下遇見屏東小琉球幸山寺廟公告知：「是聖母想找乩身建廟救世，若願替神明服務，便可不藥而癒」。

1982年農曆10月20日迎奉小琉球幸山寺的天上聖母金身，1984年農曆3月6日前往北港朝天宮領玉旨，賜名天聖宮。

初期，聖母金身安奉於旗津國小宿舍，後因香客眾多，1990年於旗津區旗津三路52號搭建臨時行宮奉祀；2002年正式動土興建廟宇，當時建廟一切順利，惟鐘永良請示聖母時，聖母盼龍位供奉輔佐聖母有功的十三太保，但虎位要供奉何神卻指示「天機不可洩漏」。

2003年，鐘永良突然病逝，眼見9月9日的金身開斧之日將臨，大家都還不曉得虎位為何方神聖，於是聖母降乩聖示鐘老師已修成正果，位列仙班，勒封為「鐘府元帥」，安奉於天聖宮虎位。2004年農曆11月16日，建廟落成入火安座大典，2007年農曆10月慶成謝土並舉行五朝祈安清醮。