「基隆鼠疫」防治，是針對日治時期的全臺鼠疫，當時全臺鼠疫的最初紀錄，為1896年（明治29年）9月，自1917年（大正6年）方告絕跡。當時的鼠疫病毒，來自中國廈門，經北臺灣的淡水港侵入，臺北廳境內182名患者中，死亡者達92名。

　　基隆市位居港口，商旅雲集，人潮流動頻繁。由於全臺爆發鼠疫，為因應「基隆鼠疫」，政府乃決定設立隔離、治療的設施、擇定距離市區2公里的綠町（即今東信二路），籌建港東隔離病院，於1899年（明治32年）3月創立。

　　港東隔離病院，其院舍為中、西式構造，內部設備，計有細菌檢驗室、藥房、病室、太平房等大小58間，病床100張，可收容傳染病、保菌者150人。

　　全臺鼠疫發生後，自隔年起10年間，每年均有鼠疫大慘禍發生，尤其1901年（明治34年）時，鼠疫最為猖獗，死亡者達1,316人。

　　自1901年（明治34年）起，日本政府以「滅除鼠類」為防疫的最大目標，捕鼠的獎勵、針對不潔住屋的拆毀、隔離消毒的厲行等，竭盡預防之能事、經10餘年的努力後，鼠疫患者逐漸減少，至1917年（大正6年），全臺鼠疫方告絕跡。