相傳在清朝末期，地方上因有土匪作亂，為害百姓，於是有吳進興，林阿池，王進生3人號召居民組成義勇軍與土匪對抗，後來土匪向清廷謊報吳，林，王3人為土匪頭目，而遭清軍處決，事後為感念3人為地方犧牲成仁，於是建廟祭祀並稱「三元帥」，當地特地從埔里街市（北門）的澤威祠請來三元帥，並在靈應祠裡供奉。

靈應祠除了供奉三元帥，開墾中曾掘得無主骨骸，當地居民乃集中收存廟內一起供奉，成為神鬼共享香火的特殊現象，廟內經常有附近居民前來上香，祈求保祐庄頭平安，好收成。

民國七十五年韋恩颱風來襲，吹斷分枝，砸損了祠頂，經信徒擲杯筊決定，共同募資重建成現在的「靈應祠」。靈應祠旁還有兩棵九丁榕，這兩棵九丁榕與靈應祠已成為地方珍貴的自然資源與觀光景點，經常有遊客騎乘自行車沿著哲學步道前來賞樹。

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埔里靈應祠─沿革 / 撰寫者：廖肇祥 / 描述文字授權：CC BY-NC 3.0 TW + / 建檔單位：全國教師會 @ 國家文化記憶庫 http://tcmb.culture.tw/zh-tw/detail?indexCode=Culture_Place&id=217514

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