鹿港天后宮創建於清領初期，原廟位於現址北側，古地名「船仔頭」附近（今三條巷內），奉祀天上聖母媽祖，是早年閩籍移民的守護神之一。康熙22年（西元1683年）施琅將軍平臺時，其幕僚藍理恭請湄洲開基媽祖神像，護軍渡海。事平後班師回朝之際，其族侄施啟秉、施世榜為感念媽祖神靈顯赫，恩被黎庶，而懇留聖像於本宮崇祀，使本宮成為臺灣供奉「湄洲開基祖廟」的天上聖母媽祖的重鎮。 　　 康熙48年（西元1709年）由士紳施世榜開築之施厝圳（後稱八堡圳），歷經10年竣工。該圳開發完成後，吸引大批的移民進入彰化平原開墾，鹿港遂成為移民的重鎮。雍正3年（西元1725年）由施世榜獻地，將媽祖廟遷建至今現址。地方人士為感念施世榜的善舉，於天后宮右廂廊內供奉其長生祿位。 　　 鹿港天后宮於嘉慶年間稱為「聖母宮」。乾隆52年（西元1787年）大學士福康安以官帑於鹿港海墘另興建媽祖廟，此為清高宗乾隆皇帝所敕建的天后宮，為清代官方祭祀的廟宇。在鹿港為分辨這二座媽祖廟宇，鹿港聖母宮稱為「舊祖宮」，後建之官建媽祖廟則稱為「新祖宮」。 　　 嘉慶19年（西元1814年）舊祖宮廟宇傾頹，泉、廈等八郊及地方士紳相繼捐輸，倡議重修，至嘉慶25年（西元1820年）3月完成天后宮的重修事宜。目前天后宮內有一方「重修鹿溪聖母宮」碑記，為天后宮珍貴的史料。天后宮其後又於同治13年（西元1874年）、昭和11年（西元1936年）重修，現今廟貌即為昭和11年（西元1936年）重修完成時所奠定的規模與格局。 　　 天后宮保存雍正皇帝御賜的「神昭海表」匾、乾隆皇帝御賜的「佑濟昭靈」匾、光緒皇帝御賜的「與天同功」匾，及福建巡撫王紹蘭、鹿港同知王蘭佩、孫壽銘、福建陸路提督許文謨等官員所敬獻的匾額，皆為鹿港天后宮極重要的文化資產。 　　 民國48年（西元1959年）適逢媽祖誕辰一千周年，鹿港信士捐資重建後殿，至民國56年（西元1967年）竣工。民國53年（西元1964年）進行屋頂剪黏及興建凌霄寶殿左側香客大樓工程；民國62年（西元1973年）增建廟前大牌坊、左右護室及四層聖恩大樓；民國69年至民國70年（西元1980年至西元1981年）修繕主殿及左右過水廊；民國74年（西元1985年）經內政部公告為第三級古蹟；民國76年（西元1987年）修繕三川殿及左右過樓（鐘鼓樓）；民國81年（西元1992年）成立媽祖文物館，展示媽祖文物、鳳輦與湄洲祖廟贈予鹿港天后宮的相關文物，期間也進行主殿及三川殿修復工程。鹿港天后宮致力於文化活動的推展，民國86年（西元1997年）香客大樓落成，更帶動鹿港觀光人潮。同年隨<<文化資產保存法修法>>修正後，依法改列為縣定古蹟。