新竹國小最早可追溯自日治時代的新竹國語傳習所，最初創立於1896年，校址設在新竹街西門之明志書院；而後又於1898年改制分成新竹小學校與新竹公學校，前者為今東門國小之前身，後者為今新竹國小之前身，並承繼原明志書院之校址。1906年新竹公學校遷校於大成街孔廟，1921年更名為新竹第一公學校，1937年才遷校至新竹市東區興學街106號現址。1941年改名「新興國民學校」，並因戰爭，屋頂必須塗色偽裝以躲避轟炸，但不幸於1945年炸彈命中校舍，損毀嚴重。1946年改名「新竹市立第一國民小學」，其後又陸續改名「新竹市南區新竹國民學校」、「新竹縣新竹市新竹國民學校」、「新竹縣新竹市新竹國民小學」，現名為「新竹市立新竹國民小學」。 新竹國小歷史，多由新竹公學校時期(1898年)談起，是新竹市地區於日治時期最早專供台人子弟就讀的學校，更分別影響了今民富國小(1916年獨立成校，時稱新竹女子公學校)、龍山國小(1927年獨立成校，時稱新竹第三公學校)與竹蓮國小(1956年獨立成校，時稱南門國民學校)的分立，在新竹市的教育史佔有一席之地。 1937年遷至現址時，所使用之校舍即包含百齡樓，且在明志書院及新竹孔廟相繼搬遷，致使原有的治學痕跡難以尋覓後，仍然健在的百齡樓，則成為現存少數能夠見證新竹國小早日歷史的建物，是故1985年學校大規模重建時，特將此校舍保留，延續至今。