澎湖孔廟的前身是創建於乾隆31（1766）年的文石書院，於日治時期才變成孔廟。文石書院創建時就建有魁星樓，後來在道光9（1829）年改建魁星樓（即本建築物）於巽方（東南方），澎湖孔廟在民國52（1963）年重修時，魁星樓是唯一被保留原貌迄今的建築，也是台灣唯一留有魁星樓的書院。其建築平面為四角形，簷廊下四角各有一個拱形開口，建築色彩鮮豔，因為是書院中的建築，裝飾較樸實，目前建物狀況大致良好。