彰化市有兩座主要信仰的媽祖廟，一為官建的媽祖廟，稱為「彰化內媽祖」，位於永樂街；另一座為香火鼎盛的南瑤宮，因建於彰化縣城南門外，故早年稱為「外媽祖」。 南瑤宮的歷史悠久，相傳早年為笨港楊姓工人攜帶媽祖香火，至彰化縣城南門外應募瓦窯工作，其隨身所攜帶的笨港天妃香火因神靈顯應，深受民眾信仰，最初供奉於福德廟內。據《彰化縣志》記載：「…天后聖母廟，…一在邑南門外尾窯，乾隆中士民公建，歲往笨港進香，男女塞道，屢著靈應…」，說明南瑤宮於乾隆中葉時即已由地方士民倡議興建。初建之時，廟地不及十坪，至嘉慶7年（西元1802年）由彰化鄉紳再倡議重建，使廟貌拓增五倍；日後歷經道光、光緒年間數次重修，逐漸形成今日廟宇規模。 大正元年（西元1912年）南瑤宮組織改築會，並推舉士紳吳汝祥、楊吉臣、吳德功、李崇禮等人，倡議重建正殿（今觀音殿），並聘請陳應彬匠師主持。該正殿造型融合西方建築語彙及日式風格，並於大正5年（西元1916年）完成正殿（今觀音殿）工程。 大正9年（西元1920年）南瑤宮董事認為當時的正殿（今觀音殿）基礎不實、砌造不牢，因而倡議改建，將原正殿改為觀音殿，另聘請吳海同主持新建正殿的設計，由老二媽會大總理林金柱、副總理林泉州負責重修工程，至大正13年（西元1924年）完成正殿的工程。正殿完成後，於昭和元年（西元1926年）聘請泉州匠師王益順之侄王樹發主持三川殿的重修，並由惠安石匠蔣馨承做三川殿的石雕，至昭和11年（西元1936年）始完成南瑤宮的整體建築。昭和16年（西元1941年）南瑤宮因地震影響致使正殿屋脊受損，遂進行局部整修。 二戰後，民國49年（西元1960年）聘請鹿港彩繪匠師郭新林至廟內彩繪；民國60年（西元1971年）新建凌霄寶殿；民國74年（西元1985年）經內政部公告為第三級古蹟；民國79年（西元1990年）整修觀音殿；民國86年（西元1997年）隨<<文化資產保存法>>修正，依法改列為縣定古蹟。直至近年，在民國102年（西元2013年）及民國113年（西元2024年）均有修復紀錄。