鹿港三山國王廟創建於乾隆2年（西元1737年），廟宇的設立說明了早年即有客家人士來此開墾。鹿港三山國王供奉中國廣東揭陽縣巾山、明山及獨山三座山的神明，為潮州客家人士興建的廟宇，既是來鹿港同鄉商民的聚會所在，並兼有會館功能。原廟位於今中山路與民權街口，座東北朝西南，其後方為鹿港的三山國王廟義塚。 鹿港早期雖有客家移民，但整體仍是泉州人群的社群結構，由於後期客家潮州人勢力式微，三山國王廟遂成為泉州人管理的廟宇。嘉慶4年（西元1799年）曾將三山國王廟改名為「三仙國王廟」，現今正殿前方有一座石製香爐，其上落款「嘉慶四年梅月置，三仙國王弟子王合成叩謝」等字樣，說明了潮州客家人在鹿港勢力的消長。三山國王廟曾於道光24年（西元1844年）重修，在乾隆初年至道光24年（西元1844年）之間，發生過幾次兵燹與地震，應當還有二至三次整建，可惜相關資料闕如，無法進一步推論考證。光緒9年（西元1883年）復經商人莊出海向居住在員林及東勢角一帶之潮州人發起募捐，重新進行大修繕。 日治時期，據大正4年（西元1915年）之《寺廟臺帳》所記，其建制為三進式，佔地約一百零六坪，前有大門、續有拜殿、正殿與後堂。昭和4年（西元1929年），日本政府實施市區改正計畫，鹿港從民權路開始拓寬，三山國王廟因位於計畫道路上而全部拆除，後將拆除之舊木、磚瓦等在現址重建，今廟中存有「己巳年（昭和4年）荔月（六月）吉旦」所立之柱聯「三山顯化功延宋室垂青史；國土重光藻薦玉宮獻赤誠」可為見證，顯示當時殿宇構架仍十分宏偉。昭和9年（西元1934年），賡續實施市區改正，把原先五福街之「不見天」街道的遮蓋頂拆除，並進行道路拓寬，三山國王廟也於此次工程中復遭浩劫，山門、拜殿全遭拆除，只餘今日七坪多之正殿，金爐亦移到廟後埕，氣勢不復當年，其時香火已日漸寥落，後堂遂改租予民家。 民國58年（西元1969年）修繕內部門面，在正立面增建牌樓，以以三連圓弧狀洗石子版塊建造，象徵三座祖山–巾山、明山、獨山。今廟中猶存己酉年季夏之彩繪「秋菊有佳色，黃花晚節香」。民國74年（西元1985年）經內政部公告為第三級古蹟；民國76年（西元1987年）在信士倡捐下集資擴建，包括正殿及兩側碑牆，同時將神龕移至正殿，並於正殿後方加建廁所及鐵棚架，工程於同年十月完成，並舉行重修安座儀式。民國83年（西元1994年）重建牌樓門面；民國86年（西元1997年）隨<<文化資產保存法>>修正後，依法改列為縣定古蹟，民國92年（西元2003年）重建後殿及後殿中庭。民國112年（西元2023年）再次展開修復工程，並於民國114年（西元2025年）完成修復。