西元1673年(明永曆27 年)漁人徐阿華因遇颱風避至旗後,見此地適合居住與捕魚,然後邀漁人洪應、王光好、蔡月、李奇、白奎、潘踄等,計十餘戶前來落戶,並隨身迎奉湄洲媽祖來臺,四處募得捐款,購地建宮主祀媽祖。
西元1691年 (康熙30 年) 旗後人口日漸稠密,徐阿華等擔心廟產被奸貪之徒侵占,於是邀洪、王、蔡、李、白、潘六姓頭人丈界廟地界址,並合立開墾字乙張以杜絕爭端,從此,旗後便以媽祖廟為中心逐漸發展開來。
清乾隆年間,庄民集資重建,將茅竹改建為石材廟體,西元1887年(光緒13 年) 洋商張怡記等號召重修。
西元1946年 (民國35 年) 改稱旗津天后宮,西元1948年(民國37 年) 蔡文賓等信徒以保存古樸面貌為整修重點,籌款重建為現今廟宇。平面配置為工字型的傳統平面,即「兩殿夾拜亭,左右帶護龍」之配置,是官衙建築的典型形態。包含三川殿、拜亭、正殿及左右護龍等實體空間,及龍井、虎井兩個虛體空間。
媽祖廟位於旗津港口,出海或進入港口者必來膜拜祈安,因此常在廟口立碑示諭眾曉,故有西元1859年 (清咸豐9 年) 的「船戶公約」,與西元1867 年(清同治6 年) 的「嚴禁汛口私抽勒索碑記」,可惜咸豐時期的石碑已佚失,現今僅存同治年間的石碑。
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