雲林縣台西鄉清代隸屬為斗六廳海豐堡，日治時代改隸台南州虎尾郡海口庄。日治時期台西先民每年3月都前往北港或麥寮參拜媽祖。昭和4年（1929）農曆8月中旬，地方先賢林明拴、林查某、林泉、陳其炎至湄洲天后宮朝聖，並恭請天后宮大媽、二媽各一尊神像回臺，登陸台西港正是農曆9月9日，即天上聖母得道成神並為本宮聖母來台紀念日。返臺後將二尊神像暫奉祀於海口街上趙草湖家中供人參拜。並由海口庄長林志人邀及地方人士協議擇定現址，發動十三股信眾，義務運沙填土為廟地，且推選林明拴為建廟主持，發動募捐集資興建廟宇，於昭和11年（1936）10月安座，稱海口媽祖廟，祭典日期為每年農曆3月23日。

當初會迎回大媽、二媽神尊有個傳說。據說當年林明拴等人往大陸湄洲天后宮朝聖時，被海賊唐金富挾走了機帆船，天后宮住持前往交涉放船，賊眾均置之不理。但到了第五天突然有20餘名壯漢跪在天后宮廟埕，請求聖母開恩赦罪。原來是因為劫船的行徑觸怒聖母，賊眾多人發病，因此願意物歸原主並護送林明拴等人至廈門。這也讓林明拴等人深感媽祖威靈，而迎回兩尊媽祖回鄉祭祀。