斗南寒林寺所主祀的乃是日治初期「他里霧歸順式事件」中遭殺害罹難的反抗軍。當時臺灣總督府透過林月汀、吳克明、鄭芳春等仕紳出面柔性勸說鐵國山一眾下山投降，並在六個不同地點辦理歸順式，將抗日義民軍的張大猷、張呂良等人在無抵抗、無武裝和無預警的情況下集體屠殺，史稱「歸順會場事變」。

參與歸順式遭到殺戮身亡者最初曝屍荒野，地方人士興建一座小祠，稱「萬人爺廟」，秘密祭祀。大正14年（1925），當時斗南庄耆宿林開因有感於「萬人爺廟」的靈驗，於是向當時斗南庄長陳奎牛和曾濟美香鋪的曾清慕等人提議，將原本埋在石牛溪畔的骸骨集中於此。昭和15年（1940）皇民化運動進行拆神毀廟，「萬人爺公廟」骨骸被日人拋至當今斗南新莊公墓，作為當年木蒲警官等多人遭義軍襲擊身亡的報復行為，甚至在該處樹立「招魂碑」。一直到戰後，民國36年地方耆宿陳奎牛與曾清慕等人集資倡議，將新莊公墓內俗稱「大墓公」的骨骸遷回當今寒林寺，並奉祀地藏王菩薩為主神。