土庫基督長老教會是雲林歷史悠久且分支眾多的基督教會,創立時間為光緒15年(1890)8月15日。根據教會的口碑記載,在土庫教會設立之前,「有一位來自虎尾鎮垺內以賣藥為業的信徒王生,前來土庫租借房子為藥店,他一面賣藥,一面傳道。適時郭添丁夫婦患病,經求佛問卜均無起色,後經人勸說前往藥店向王生求診,服藥後始得漸癒。郭氏為感念上帝的救贖,隨即帶領女兒、女婿悔改信主,且每主日於王生家舉行禮拜。」嗣後信徒聞訊前來,禮拜人口日益增加,並於光緒20年(1895)購地建禮拜堂。
1895年爆發乙未割台之役,土庫街由黑旗軍據守抗日,事敗後遭到日軍焚街,教會建築亦遭到燒毀,加上當地民眾的排教心理,信徒不得已轉至溪心聚落(今土庫石廟)避難,過程中仍持續進行主日禮拜。明治29年(1896)始由蘇格蘭籍牧師宋忠堅提供補助款,興建茅屋禮拜堂。大正元年(1912)甘為霖牧師來此巡視教會,再向教士會陳情,申請補助款再加上信徒的奉獻,終於將禮拜堂改建為更堅固的木造瓦房。現教會禮拜堂仍懸掛大正7年(1918)由女信徒吳乳香、吳非庇二人所奉獻的「基督聖教」。耶穌聖教或基督聖教為大正元年(1912)定名為「台灣基督長老教會」之前對長老教會的稱呼。從土庫教會的這塊匾額,可以知道信徒在大正年間仍習慣沿用基督聖教的名稱。
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