日人治台以後，延續清代留下來的防「番」措施—隘勇制度，以大量武力，配置精良武器，延長隘勇線，在全台灣設了約一千九百多所隘寮，又埋設地雷、裝置電流鐵絲網，來限制原住民的活動範圍。此外，以法令封鎖一般人民在「番地」的任何所有權或佔有權，一般人也不許跟原住民通商。而各種法律，如刑法、民法案都不適用於原住民地區。總督府以強制手段要求原住民徹底改變生活方式，並強行逼使原住民對日本認同。明治４３年﹙1910﹚，佐久間左馬大就任第五任台灣總督後，積極推動「五年理蕃計劃」，逐步將隘勇線延長，並在適當地點設立砲台。日人於部落設立警察官吏駐在所，用以控制與駕馭。這期間日人也以軟硬兼施的「理蕃手段」，亦即以「順者撫之，逆者剿之」的撫綏政策為「理蕃」方針，並且以革除原住民舊慣習俗為目的。日人為矯正其出草的習俗，並將黥面加以革除，遂以警察勢力介入舊慣習俗的革新。「五年理蕃計劃」結束後，佐久間左馬大提出訓示，對「理蕃」事務有了積極的政策，即整肅「蕃地」的各類警備機關和警備員之紀律，絕不能因無事而鬆懈，需嚴加戒備。對「蕃地」的開發要採漸進主義，嚴加管制武器等…。「理蕃」方針中規定普及部落的簡易教育，施以都市「見學參觀」及其他的社會教育，獎勵適於「蕃地」的產業，改善並普及醫療設施，改善物品交換制度，對頭目給予津貼，借貸打獵用的槍械彈藥。這是日人在對泰雅族大規模討伐後，進入了「威撫並行」時期，亦即在撫育上樹立了教化、授產、醫療、交易的政策。原住民各族抵抗日本政府的行動接連不斷直到發生兩次霧社事件，震驚日本本國，逼使從石塚英藏總督以下一連串高官引咎辭職，也促使殖民陣甫修改「理番政策」，從經濟型態生活方式以及教育醫藥措施，與以懷柔同化，造成原住民的文化大量滲入日本文化。例如將原住民集體遷移至適耕地區，教他們放棄打獵與放火燒山輪耕，而學習定點耕水稻。甚至把原住民住屋，改成日式土壁草屋。昭和6年（1931）12月間總督府頒布「理番政策大綱」，主要獎勵原著民著重「集約定耕」產業，並行集體移居，以圖改善生活；在經濟上扶持其自主獨立，謀其生活安定；並修築道路，便利交通，已其輔化教育之徹底普及。昭和10年（1935），總督府對原住民的稱呼一律改為「高砂族」。1941年日本發動太平洋戰爭，佔領菲律賓等地，就徵召一萬多名﹙幾乎原住民的兩成人口﹚原住民青年，組成「高砂青年隊」，利用他們擅長在密林活動，為日本人役使在南洋叢林作戰，或成為背運貨物的軍夫。

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