從第一階段(84~93年)摸索期，各館由摸索開始經過基礎輔導與人才培力後，進入到第二階段(94~97年)的成長期，在透過實務操演與整合資源的大館帶小館巡迴展之後，邁入第三階段茁壯期(98、99年)，積極營造在地多元文化之風貌，孕育出豐富的傳統文化資源，落實原住民文化建設。到了第四階段穩定期(100~104年)，提升館舍服務品質並整合地方資源建構原住民主體性之文化機構，以發揮文化館典藏、展示與教育之多重功能。第五階段朝專業發展(105年起)，館舍品質由活化至優質化，以地方館專業人才結合學術單位之研究詮釋與大館展示規劃之能力，提升地方館研究詮釋與典藏維護，建構永續發展之機制。

為了繼續活化原民文化館，原住民族委員會原住民族文化發展中心於105年度提出「全國原住民族文化館跨域專業輔導與改善計畫」，冀能延續先「全國原住民族地方文化館活化輔導計畫」輔導工作，強化已建立起來的類博物館基礎，並在現有基礎上持續發展，同時加強輔導、活化培力與評鑑等工作。該計畫期以未來為賡續活化再利用，以地方館為中心持續以點線面擴散，加強研究、展示、教育推廣功能，以宏觀策略整備規劃整合現有資源推廣文化教育，結合在地產業及部落力量共譜部落文化發展。