吳清發大概從光復後就開始搬戲，民國四十幾年就當團主。那時候演出都要申請執照，由教育廳管轄的，教育廳長是潘清球那個時代。那時候吳清發爸爸（吳土）是第一團，吳清發還沒成年就申請第二團。因為以前不能一人當兩團團主，就像一種監視。通常一團是吳清發主演，二團就是弟弟吳清源當主演，二團的主演名字申請是這樣。兩團都會一起出門，兄弟互相幫忙，演出的戲劇都相關。以前演出要事先申請，今天要演出什麼戲要先報備，派出所、鎮公所報備；鎮公所就會發文到教育廳，劇本都要先送審。那時候演出布袋戲很嚴格，戒嚴時代的戲曲教育廳把布袋戲做為文化先鋒，那麼多人聚集便不能亂說話，早期演出就是這麼嚴格。

吳清發會後場也會主演，後場的能力是因為父親吳土是烏水橋班亂彈班的鼓手，母親在亂彈班當小旦。吳清發還沒出生的時候就都在戲班，出生後開始有認知、會聽就都在戲班裡聽鑼鼓長大。