暨大附中在1999年仍稱為埔里高中(2001年改隸暨大),921地震導致學校建築多處嚴重毀損,處處危樓,無法上課,只能暫時停課;教育部楊朝祥部長數度來校關心留校學生,學校也儘速展開應變輔導措施。
後來經初步完成校園安全隔離及恢復水電設備運作後,學校通知10月4日全體師生返校,是日即展開學生家庭狀況總調查,結果計有學生罹難1人、重傷2人、輕傷2人,父母重傷1人、祖父母罹難9人、重傷7人、其他親人罹難13人,重傷2人;房屋全倒108人、半倒129人,災情慘不忍睹。
在校長、輔導室、導師進行心理輔導後,三年級面對升學壓力,隨即復課。一、二年級也在10月11日全面恢復正常上課,進修部則在10月15日復課。
往後學校持續進行師生防震演練宣導、心理復健輔導,哀傷治療及團體輔導等活動,例如10月14日楊朝祥部長來校關心學生、10月21日利用朝會規畫「追思與重建」活動,悼念罹難者及相互鼓舞,還有在校園繫黃絲帶等,或是協助社區學習再造,例如與暨大教政所合作帶領學生利用假日協助震災資料整理等,逐步進行心靈與生活重建,攜手走出921地震受災陰霾。



