1999年凌晨的921地震造成暨大校園受損，校方決定緊急北遷臺大復課， 引發地方議論。

       921地震事發突然，暨大校園建築物災損待修，李家同校長考量學生受教權，決定將師生遷往他校儘速復課，因創校之初暨大教師多來自臺大、北部學生亦較多，師生對臺北環境較熟悉而洽借臺大辦公及復課，部分系所則借用臺師大與政大教室；師生則安排住宿臺大旁的國際青年活動中心(現為臺大國青宿舍)、救國團台北學苑、臺北市政府職業訓練中心及勞工教育中心等處，同年10月13日正式在臺大、臺師大與政大三校復課，教育部楊朝祥部長更於10月16日赴臺大關心暨大復課情形。

       但因緊急北遷，未及與地方妥為溝通，引發立委、埔里民代及地方人士、及媒體諸多批評與不同意見，李家同校長因而請辭，於同年11月30日離開校長職位（擔任校長僅五個月），12月1日起由徐泓教務長接任代理校長。

一學期後，2000年3月8日正式遷回埔里，也開展浴火重生的校務發展。