1999年為了傳播社區營造的理念與實務推動,中華民國社區營造學會邀請移居埔里的報導文學家廖嘉展,籌劃雜誌的出版。1999年3月1日,社址設在埔里的《新故鄉》雜誌創刊,由李遠哲擔任發行人、廖嘉展擔任社長。繼台北創刊記者會後,也在埔里社址辦理創刊發表會。
雜誌社的經費主要是靠募款,當中長榮集團的捐助讓《新故鄉》雜誌成為長榮航空客機上的讀物。這一年的9月,第3期雜誌製作埔里專輯「陷落中的蓮花?」探討台灣地理中心的埔里,近年來在生態、環境、社會的警訊。熟料,旋即發生921地震,原本希望作為雜誌後援組織的新故鄉文教基金會,面對埔里百年來最大的天然災害,旋即投入震後重建工作而淡化雜誌後援組織的角色。
《新故鄉》地震後多次製作重建相關專題報導,當中第4期雜誌以《921.再生蓮》重建埔里專輯,紀錄第一時間的救援行動、安置課題、重建挑戰與省思等;第5期則以「復活伊達邵」報導台灣最小族群在921震後重建的努力與挑戰;第8期則特別企劃「復活,從瓦礫中」看1931紐西蘭霍克灣大地震如何在願景的引領下,打造更堅固的城市。
2000年《新故鄉》雜誌獲選為新聞局「新雜誌獎」。隔年,獲得「最佳人文及社會」雜誌出版金鼎獎及「雜誌編輯」金鼎獎(個人獎:顏新珠、林琮盛)。
這一年「社造學會」理事會改選,林經甫繼任第2屆理事長與雜誌發行人。歷經2年又3個月在埔里發行11期的《新故鄉》雜誌宣佈停刊,原工作人員則轉至新故鄉文教基金會任職,以行動打造埔里新故鄉。
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