1999年的921地震，造成埔里鎮宏仁國中的行政大樓、誠信樓、忠孝樓震毀。原本碧草如茵的操場頓時成了附近居民的避難所，而居住在埔里鎮的仁愛鄉原住民，也大多聚集在此避難。地震初期，在報紙可以送達埔里之際，一群災民在宏仁國中倒塌的校舍前，聚精會神地翻閱報紙，瀏覽地震的相關報導。

       地震後餘震不斷，宏仁國中的老師們不顧生命危險，不分男女配合國軍一起搶救在瓦礫推中的文件、教具、圖書等。埔里鎮的國中有埔里國中、大成國中和最晚成立、全南投面積最大的宏仁國中3所，都在921地震時被列為全倒，必須面臨重建。前兩者由慈濟基金會認養興建，而宏仁國中則加入新故鄉文教基金會和專業者都市改革組織、人本教育基金會和TVBS關懷台灣基金會所推動的「創造性的校園重建計畫」的行列。地震雖受損嚴重，但也為宏仁國中開啟打造新校園的轉機。