台灣鳥類大約有六百多種紀錄，依停留時間及季節可分留鳥、冬候鳥、過境鳥、夏候鳥及迷鳥等；在高美濕地根據東海大學林惠真的高美濕地生物資源調查及牛罵頭文化協進會歷年紀錄(截至1998年)，計有34科131種，大致以鷸科、鴴科、鷺科、雁鴨科及鷗科等水鳥為主，其中瀕臨絕滅鳥種2種 (黑面琵鷺、黑嘴鷗)、珍貴稀有鳥種7種(唐白鷺、澤鵟、魚鷹、彩鷸、燕鴴、小燕鷗、蒼燕鷗)、及其他應予保育鳥種 2 種 (紅尾伯勞、喜鵲)等在此地進行渡冬、繁殖、過境等活動。每年9月先頭部隊青足鷸、東方環頸鴴等鳥類首先抵達高美濕地，揭開候鳥過境與渡冬序幕，11月起黑嘴鷗、赤頸鴨、尖尾鴨等渡冬鳥陸續抵達高美濕地。這是協會每一次觀鳥活動的記錄表。