磺溪書院其建築風格為傳統閩南七開間、兩進、兩護龍帶四垂亭的四合院式書院建築，正面寬廿八公尺，縱深三十公尺，座北朝南採中軸對稱，由外向內分別為山門、拜殿及正殿，兩側均有廂房，正殿與廂房間有過水相連。 正殿為三開間的講堂，中央主祀文昌帝君，高懸「經天緯地」古匾，其意義為規劃天地，形容人的才能極大，能做偉大的事業。講堂兩側，與護龍齋舍相連接的過水廊外牆，是磚雕製作最為精美的所在，除以圖樣方式表現在牆堵及牆基上外，更以裝飾的手法，在磚與磚的榫接處做出不同的圖案，從牆堵、門窗外框到窗檻、半圓弧牆基以及花瓶形廊門等，無不以鏤刻花紋的磚雕為飾。除此之外，此處的磚雕係出自兩位不同師傅以「對場作」手法競技鑿雕而成，相互輝映，各具特色，可以同時欣賞兩位匠師的雕刻藝術。