磺溪書院其建築風格為傳統閩南七開間、兩進、兩護龍帶四垂亭的四合院式書院建築，正面寬廿八公尺，縱深三十公尺，座北朝南採中軸對稱，由外向內分別為山門、拜殿及正殿，兩側均有廂房，正殿與廂房間有過水相連。 拜殿為八柱歇山屋頂的建築，佇立於升高的方形月台上，外角四柱為花崗石石柱，以防風雨侵蝕，內側四柱為本柱，以與大木結構接續，內外功能分明。屋頂脊飾精美、剪黏圖象生動，是拜殿的主要特點。拜殿前為一寬廣的中庭，舖面為少見的瓦質拼花地磚，旁邊以方磚收邊，中央舖有矩形拜石，這在臺灣傳統建築中是相當少見的。拜殿的「雅歌孝友」古匾為光緒丙戌科，欽點御前侍衛廖錦華立，但於1986-1987 年修建時遭損壞，現所見為仿製品。