磺溪書院其建築風格為傳統閩南七開間、兩進、兩護龍帶四垂亭的四合院式書院建築，尤其以磚工雕琢之精美聞名，正面寬廿八公尺，縱深三十公尺，座北朝南採中軸對稱，由外向內分別為山門、拜殿及正殿，兩側均有廂房，正殿與廂房間有過水相連。 一進門以三川殿大門兩側有青斗石石獅一對，以圓雕技法而成，龍邊為雄獅，虎邊為雌獅，雙獅玲瓏動人。開三門而入，是木構的柱廊，柱廊左右的斗仔砌磚牆上，各開一口磚砌的海棠形花式月門，形式之精美為他處罕見，空間之變化更是他祠所不及，堪稱是清末文教建築的傑出作品之一。