921地震造成埔里重大災情，引起國內輿論的高度注意力和社會關懷，而埔里基督教醫院肩負埔里災區的重責救災醫院，自然成為中央高層官員必訪的重地之一，包括震後初期總統、副總統先後探訪，副總統夫人連方瑀也在10月4日特地前往表達慰問，給予災民和傷患一個溫暖關懷。

921地震後，內政部營建署於9月23日鑑定埔基醫院主體結構為安全建築物。洗腎室在水電供給恢復之後，於9月24日下午6點就搬回醫療大樓2樓；開刀房25日也搬回了2樓。但因為餘震不斷，各科室兩度搬進搬出，醫護和醫技所有人員除了要承受高壓力的救治工作外，還要飽受餘震威脅，直到10月1日貨櫃病房設置完成，全院員工才稍微紓解積存許久的壓力源。自從10月1日開始，前來埔基訪視的政治人物和社會名人越來越多，有些基金會、愛心團體也帶來慰問金、食物、醫療物資等等；10月4日副總統夫人連方瑀來訪，埔基由黃蔚院長和林麗雪副院長陪同，在貨櫃病房區探視住院病患。連夫人緩步徐行，與病患握手鼓勵，並致贈埔基慰問金以表關心。

隨著越來越多政治人物和社會名人來到災區埔里探視慰問，埔里災情更加迅速傳播開來，促進更多社會資源和民生物資的挹注，加速埔里災後重建的進程。