埔里921地震過後，面對大量急送傷患，埔里基督教醫院立即就地成立野戰醫院，以最克難方式進行最即時的醫療。震後第五天，當時的李登輝總統特別蒞臨埔基勘查院區災情和慰問傷患，之後又到暨南大學重點視察，了解與評估暨大災損情形。

1999年9月25日，921地震震後第5天，埔基醫院決定將病房、醫技部和洗腎室搬回醫療大樓；另將指揮中心、院長室、醫務部設於一樓服務台，門診、急診和開刀房也開始運作。但沒想到9月26日早上7點多，又發生一次6.8級餘震，全院晃動得厲害，因此除洗腎室以外，院部再從醫療大樓撤出。10月1日，門診部設於醫療大樓大廳及大門外，以便餘震來時方便疏散。10月2日接近中午時分，李登輝總統由埔里鎮長張鴻銘陪同巡視埔基921救災情況。這一趟的視察重點，包括勘查國立暨南國際大學的地震災情，因為當時的李家同校長，對外發出暨大受創非常嚴重，必須撤離埔里的訊息，受到報章媒體大肆報導；但地方首長和蔡煌瑯立委的彙報並非如此，於是李總統在震後第12天再度前來埔里勘災，便直接到暨大巡視災情。

李總統前來埔里視察地震災情，以及慰問災民和傷患，對埔里居民而言是一大鼓舞作用，表示埔里災情受到中央重視和關心，相關救援和重建行動就有頭緒和希望了。