南澳神社創建於昭和11年（1936）10月，原名為南澳祠。宜蘭南澳鄉南澳村，「南澳」泰雅原名為「基男」，意思是說非常美麗的的環境，三面環山，東臨太平洋。文獻上南澳地名，開始見於清嘉慶15年（1810），當時因此地位居蘇澳之南，便稱為「大南澳」。大正元年（1912），改稱南澳，1932年（昭和7年）成立一社，名曰「南澳社」，南澳這個地名就為大家所接受。南澳村位居大南澳北溪左岸，虎頭山南方山麓，為海拔170公尺的臺地。本村以一街之隔與屬於蘇澳鎮的朝陽、南強二里因此鄰。南澳村在初建之時，原址在現址上方，其組成為尼公哥社（Kynyn，因地在 「山角」故名）與巴波里奧社（庫巴玻）大部份人遷入而成。