財團法人台北市北投區慈生宮，於1973年4月17日內政部登記公告，並於該年10月27日獲許可。登記位址為台北市北投區立農里立農街321號，與廟址相符。設立目的為宣揚五谷先帝濟世精神，勸導國民行善，辦理地方慈善及社會福利事業。財務來源來自信徒與熱心人士樂捐為主。

該法人為董事會制，編制共20人，設有董事長1名、副董事長1名、常務董事3名．董事10名、常務監事1名、監事4名。正式設立前經歷兩任主任委員謝龍振與陳德明，法人後首任董事長為林天厚，至2020年已歷經11屆成員、7任董事長。

從董事會成員觀察，可以從董事長與董監事的姓氏關聯到唭哩岸地方的重要家族，如謝姓、林姓、潘姓、吳姓、余姓…等。近年來周邊里長也熱心參與廟務，整合地方資源與推動民俗文化，也聘請多位顧問，設立志工團與誦經團。