「雲林埤圳水門」位於斗六雲林溪畔，鄰近圖南株式會社日式宿舍群。根據落款，這座水門是在1917年（大正6年）8月竣工。

台灣總督府公文類纂中保存了一件1918年（大正7年）〈認定外埤圳雲林埤竣功報告〉，由內容可知，雲林埤係為民間私營的「認定外埤圳」，水源取自雲林溪，灌溉斗六保長廍、下保長廍、下厝仔、後庄仔等地約70多甲的農田。

1913年（大正2年）因雲林溪河床降低，原本的取入水口無法取水，遂由雲林埤管理人張長樹（居住地為保長廍91番地）向台灣總督府申請新築雲林埤取入水口、暗渠和延伸圳路等工事，總工程花費4700日圓。

雲林埤竣工之後，灌溉面積增加1倍，達到130餘甲，這座水門即是日治時期雲林埤改修和地方拓墾的歷史證據，也是現存唯一以「雲林」為名的水利構造物。